В професионалната си кариера като треньор Канатларовски е бил наставник на:
ФК Победа (Прилеп) - 1994 до 1996
ФК Беласица ГЦ (Струмица) - есенен полусезон 1996/97
ФК Вардар (Скопие) - пролетен полусезон 1996/97
ФК Победа (Прилеп) - сезон 1999/2000
ФК Беласица ГЦ (Струмица) - сезон 2001/2002
ФК Победа (Прилеп) - сезон 2002/2003
ФК Вардар (Скопие) - от януари за сезон 2006/2007

Канатларовски е бил и национален селекционер на Македония 2000, 2001, 2003 и 2005 година.

Поема поста на треньор на Локо Пд на 20 март 2008 г.